כדי להפוך את השירותים הרוחניים המתקדמים שפותחו לזמינים לסיינטולוגים, ב-1968 ל. רון האברד ייסד ארגון על סיפון כלי שיט, אוניית הדגל 'אפולו'. בזמן שהוא המשיך את מחקרו על הסיפון, סיינטולוגים הגיעו מכל העולם להכשרה ולאודיטינג שהיו זמינים רק על ה‑'אפולו' והועברו תחת פיקוחו של מר האברד. זה היה מלווה בתקופה של צמיחה חסרת תקדים במספר היועצים הרוחניים של Scientology ובהתרחבות כלל-עולמית.
ב-1975, הביקוש לשירות מ-"פלאג" גדל לממדים כאלה שנדרש איזור העברה גדול יותר, והנכס האידיאלי אותר. בסוף אותה שנה, ל. רון האברד הקים את המטה הרוחני של Scientology ואת מרכז ההתבודדות הדתי בקלירווטר, פלורידה – ארגון אוניית הדגל עבור הדת. בזמנו, הוא התפרס על שני מגרשים. היום הוא כולל מתחם של 56 בניינים שמשתרעים על רשת של 32 קילומטרים, ומקיפים מעל 280,000 מטרים רבועים של שטח.
פלאג היה החזון של ל. רון האברד לארגון שבו העברת השירותים תהיה בסטנדרט של האיכות הגבוהה ביותר ושבו כל סיינטולוג יוכל להפיק תועלת מהאודיטורים בעלי ההכשרה הגבוהה ביותר בעולם. בפלאג, אפשר לקבל שירותים החל מהרמות הבסיסיות ביותר ועד למתקדמות ביותר, כמו גם שירותים שאינם מועברים בשום מקום אחר בעולם.
חזונו של ל. רון האברד התגשם במהלך העשורים האחרונים על-ידי יושב-ראש מועצת המנהלים Religious Technology Center, מר דיוויד מיסקביג'.
בניין פלאג של ארגון ה‑Scientology פתח את דלתותיו ביום ראשון, 17 בנובמבר 2013, כאשר יותר מ-10,000 סיינטולוגים התכנסו לטקס החניכה בהנחייתו של מר מיסקביג'.
בניין פלאג הוא ייחודי משום שהדת ייחודית. Scientology היא השיא של אלפי שנות חיפוש של האדם אחר חופש רוחני בשילוב המדע והטכנולוגיה של המאה ה‑21.
הבירה הרוחנית החדשה הזו יפה באותה מידה שהיא מרשימה בהדרה. בניין פלאג, שתופס גוש בניינים שלם – 35,000 מטרים רבועים – הוא השתקפות מפוארת של טקס החניכה של חסידי הדת שתמכו בהקמתו תחת הנהגתו של מר מיסקביג'. הקתדרלה האלגנטית שלו משקפת גם היא את הצמיחה שאין דומה לה במספר היועצים הרוחניים של Scientology במהלך העשור האחרון, ואת מחויבותה בת יותר מ-40 השנים לקהילה המקומית.
"למרות שגזרנו הרבה סרטים בשנים האחרונות ורבים נוספים עדיין ממתינים ליומם, הבניין הזה מיוחד – משום שזה הבניין שמשתרע מהנצח אל האינסוף", אמר מר מיסקביג' בפתיחה של בניין פלאג. "כשהסרט ייפול, הוא יתפשט אל תוך מארג המציאות ובכך יכריז לעולם הפיזיקלי: הקתדרלה שלכם קמה והמטה הרוחני שלכם פתוח עכשיו".
אולם המבואה המפואר של בניין פלאג מתנשא לגובה שלוש קומות ומתפרס לכל אורכו – גוש בניינים שלם. עמודי הטרוורטין, הקירות, הרצפות והמדרגות בלובי של אולם המבואה המפואר מעלים זיכרונות על הקתדרלות הגדולות של העבר. יחד עם זאת, בניין פלאג עם הברונזה, הפליז, העץ, השיש והזכוכית שלו הוא נצחי בסגנונו. המוטיב הימי הרך מחקה את המורשת הימית של Scientology בעודו מקרין תחושה של העתיד.
לאורכו של אולם המבואה עומדת סדרה של פסלי ברונזה שמייצגים את המושגים הבסיסיים של Dianetics ו‑Scientology. הם כוללים את שמונה הדינמיקות: הדחף, המניע או היצר לעבר הישרדות בתור האדם עצמו, משפחה, קבוצות, המין האנושי, צורות חיים, העולם הפיזיקלי, העולם הרוחני והישות העליונה או האינסוף; וייצוג חזותי של "אודיטינג". אודיטינג הוא הייעוץ הרוחני של Scientology שעוזר לאדם להיפטר ממגבלות רוחניות ומגביר יכולות אישיות.
מקומת הקרקע ועד מעבר למרפסת מתנשא פסל בגובה 10 מטרים של מדרגות לולייניות עם דמויות אדם ברמות שונות. הוא מתאר את סולם הטונים הרגשיים (טון פירושו המצב הרגשי של האדם), שמשקף רמות הולכות ומתקדמות של הקיום החל ממצב של אובדן חושים ונכות עם מעמסה רוחנית ומנטלית בתחתית הסולם, ועד למצב יצירתי עם שמחת ניצחון והתקיימות באחווה עם העולם בראש הסולם.
בקומת הקרקע, מרכז מידע גדול עם תצוגות מולטימדיה כולל 800 סרטים בעשרות שפות. הם מציגים את יסודות הדת ומעדכנים סיינטולוגים לגבי תוכניות הומניטריות ותוכניות לשיפור חברתי בחסות הארגון ברחבי העולם.
מוזיאון של המסדר הדתי של התנועה, הארגון הימי, כולל את המשרד של מר האברד ואת חדר המחקר מאוניית הדגל 'אפולו'. המשרד, שהוא אותנטי בכל פרט, מציג אלמנטים מדויקים כמו שני הסוגים של שיש ספרדי שמותאמים לרצפה המקורית.
התצוגות מחזיקות חפצי אומנות רבים ששייכים למר האברד ודגמים של שלוש הספינות מימיה הראשונים של שייטת הארגון הימי.
הקפלה המפוארת, גם היא בקומת הקרקע, עשירה בביטויים אומנותיים. נקודת המוקד היא הצלב של Scientology בן שמונת הקודקודים, שמייצג את שמונה הדינמיקות, ומעוצב באבן אוניקס דבש חצי שקופה. שמונת חלונות הוויטראז' הססגוניים הם בגובה של יותר מ-3 מטרים ומורכבים מ-1,900 חתיכות בודדות של זכוכית עבודת יד מגרמניה ועבודת עופרת מסורתית. בכל חלון מוטבע אחד מ-'הגורמים', סיכום של מר האברד על נפש האדם והקשר שלה לעולם החומרי.
בניין פלאג הוא יצירת מופת ארכיטקטונית, שמספקת לסיינטולוגים את האמצעים להתקדמות רוחנית בסביבה שהולמת את סדר הגודל של הטכנולוגיה של ל. רון האברד.