For at gøre de avancerede åndelige servicer han udviklede tilgængelige for Scientologister, etablerede L. Ron Hubbard i 1968 en organisation om bord på et fartøj, Flagskibet Apollo. Idet han fortsatte sin forskning ombord, ankom Scientologister fra hele verden for uddannelse og vejledning der kun kunne fås ombord på Apollo og under tilsyn af mr. Hubbard. Dette blev ledsaget af en periode med en hidtil uset vækst af Kirkens præstegerninger og ekspansion verden over.
I 1975 var efterspørgslen efter service fra “Flag” vokset til sådanne niveauer at større leveringslokaler var nødvendige og den ideelle ejendom blev lokaliseret. I slutningen af det år etablerede L. Ron Hubbard Scientology Kirkens åndelige hovedkvarter og religiøse fristed i Clearwater, Florida — flagskibets Kirke for religionen. På det tidspunkt bestod den af to ejendomme. I dag er det et kompleks bestående af 56 bygninger ud over et område på over 50 kilometer og når op på mere end 280 000 m².
Flag var L. Ron Hubbards vision for en Kirke hvor leveringen af servicer ville være af den højeste kvalitetsstandard og hvor enhver Scientologist kunne drage nytte af verdens højst uddannede auditorer. På Flag kan man modtage servicer fra de mest grundlæggende til de mest avancerede, såvel som servicer der ikke bliver leveret nogen andre steder i verden.
L. Ron Hubbards vision blev opfyldt igennem årtierne af Bestyrelsesformanden for Religious Technology Center, mr. David Miscavige.
Scientology Kirkens Flag-bygning åbnede sine døre søndag den 17. november 2013 idet mere end 10 000 Scientologister samledes ved indvielsen der blev holdt af mr. Miscavige.
Flag-bygningen er enestående fordi religionen er enestående. Scientology er kulminationen af tusinder af år af Menneskets søgen efter åndelig frihed kombineret med det 21. århundredes videnskab og teknologi.
Dette nye åndelige center er lige så smukt som det er majestætisk. Flag-bygningen fylder en hel byblok — 35 000 m² — og er en storslået afspejling af engagementet fra religionens tilhængere som tilsluttede sig og støttede etableringen under mr. Miscaviges lederskab. Kirkens elegante katedral afspejler også den uforlignelige vækst af Scientologys præstegerninger i det sidste årti og dets mere end 40 år lange engagement i lokalsamfundet.
“Men selvom vi har klippet mange snore over i de sidste par år, og mange flere hænger ventende på at deres dag oprinder, er denne speciel for den strækker sig fra evigheden til uendeligheden,” sagde mr. Miscavige ved indvielsen af Flag-bygningen. “Når den falder vil det give genlyd i selve realitetens struktur og derved annoncere til det fysiske univers: Din katedral er bygget og dit åndelige hovedkvarter er nu åbnet.”
Flag-bygningens store atrium er tre etager højt og strækker sig hele bygningens længde — en hel byblok. Søjlerne af travertin (hård, stribet kalksten), vægge, gulve og trappen i det store atriums lobby fremkalder en fornemmelse af de store katedraler fra fortiden. På samme tid er Flag-bygningen med dens bronze, messing, træ, marmor og glas stilmæssigt tidløs. Det dæmpede nautiske tema udstråler et ekko af Scientologys maritime arv, mens det udsender en fornemmelse af fremtiden.
Langs atriet står der en serie af bronzeskulpturer der repræsenterer de fundamentale begreber i Dianetics og Scientology. De omfatter de Otte Dynamikker: den drift, tilskyndelse eller impuls i retningen af overlevelse som Selv, Familie, Grupper, Menneskeheden, Livsformer, det Fysiske Univers, det Åndelige Univers og det Højeste Væsen eller Uendelighed, og en visuel fremstilling af en “auditing”-session. Auditing er Scientologys åndelige vejledning der hjælper personen med at blive fri fra åndelige skavanker og forøger individuelle evner.
Denne 10 meter høje fritstående skulptur som strækker sig fra stueetagen og forbi balkonen er en spiraltrappe med menneskefigurer på forskellige niveauer. Den skildrer den Emotionelle Tone Skala og afspejler de stigende niveauer af eksistens fra døende og forkrøblet af åndelige og mentale byrder på bunden af skalaen, til triumferende kreativ og i broderskab med universet ved toppen.
På stueetagen er der et stort informationscenter med multimedie-displays der omfatter 800 film på dusinvis af sprog. De præsenterer grundbegreberne i religionen og opdaterer Scientologister om de humanitære og samfundsforbedrende programmer der sponseres af Scientology Kirken rundt om i verden.
Et museum for Kirkens religiøse orden, Sea Organisationen, omfatter mr. Hubbards kontor og forskningslokale fra Flagskibet Apollo. Det er autentisk i alle detaljer og kontoret indeholder elementer der er så præcise som de to typer spansk marmor der svarer til det oprindelige gulv.
Displays viser talrige artefakter der tilhørte mr. Hubbard, og modeller af tre skibe fra den tidlige Sea Organisationsflotille.
Kirkesalen, også i stueetagen, er rig på kunst. Midtpunktet er Scientology Korset med otte arme der repræsenterer de Otte Dynamikker, udformet i delvist gennemsigtigt honning onyks. Kirkesalens otte flerfarvede, sten-indfattede glasvinduer er 4 meter høje og består af 1 900 enkelte stykker af tysk håndlavet glas med traditionel indfatning. Hvert vindue er dekoreret med en af Faktorerne, mr. Hubbards sammenfatning af menneskeånden og dens forhold til det materielle univers.
Flag-bygningen er et arkitektonisk mesterværk der tilbyder Scientologister midlerne til åndelig fremgang i rammer som er passende for omfanget af teknologi fra L. Ron Hubbard.